En el parque Isiboro Sécure habitan tres etnias indígenas: chimanes, yuracarés y moxeños.
Los chimanes
Según el Censo 2001 del Instituto Nacional de Estadística (INE), en Bolivia existen 6.351 chimanes.
Las primeras referencias sobre los chimanes se dieron en el siglo XVII, cuando los jesuitas fundaron la Misión de San Francisco de Borja (1693), que fue cuestionada y resistida por ellos.
Actualmente, sus principales problemas se derivan de la presencia de los comerciantes, los madereros y los colonos. El matrimonio es preponderantemente monogámico con fuerte tendencia a la poligamia. Desarrollan una actividad agrícola de subsistencia.
Yuracaré
Según el censo 2001 (INE), existen 1.809 yuracarés.
Están ubicados en los departamentos de Cochabamba y Beni. La colonización republicana de Chapare presionó a este grupo hacia tierra adentro, y de esta manera hacia su dispersión.
Se dice que no reconocen a un jefe único, debido, principalmente, a su dispersión geográfica. La caza, la pesca y la recolección se combinan con labores de la agricultura. Su necesidad de ingresos adicionales los impulsa a vender su fuerza de trabajo.
Moxeños
Según el censo 2001 (INE) existen 4.228 y son parte de la familia sociolingüística Arawak.
Los moxeños viven en el departamento de Beni, en las provincias Cercado, Moxos, Ballivián y Marbán. Municipios, de San Javier, San Pedro y San Ignacio de Moxos. A partir de los años 70 en que se produjeron inundaciones importantes, se observa un acentuado proceso de migraciones, desde las áreas rurales hacia los centros urbanos como Trinidad y aún hacia el departamento de Santa Cruz y otras regiones.
