El reconocimiento de derechos a pueblos indígenas trae consigo la discusión sobre derechos diferenciados en función de grupo. ¿Por qué los pueblos indígenas deben tener derechos especiales respecto al territorio y la tierra, la lengua, la representación, el ejercicio de su organización política y de su justicia? Una parte de la doctrina solo concibe a los derechos de manera individual, en tanto se trata de derechos subjetivos, entendidos como cualquier expectativa positiva (de prestaciones) o negativa (de no sufrir lesiones) adscrita a un sujeto por una norma jurídica, parafraseando al italiano Luigi Ferrajoli.
Ahora bien, ¿puede concebirse a ese sujeto como uno colectivo? Para los teóricos liberales, solo el individuo puede tener derechos. En cambio para los teóricos comunitaristas, un pueblo indígena puede ser entendido como un sujeto colectivo que le asisten derechos que no pueden reducirse a los derechos individuales. Se trata no solo de concebir a un sujeto colectivo, sino también la existencia de bienes colectivos como el medio ambiente, al igual que derechos que solo pueden ser ejercidos por un colectivo, como el derecho a la libre determinación.
Sin embargo, el reconocimiento de sujetos colectivos también puede suponer el reconocimiento a otra manera de ver el mundo, a otra cosmovisión con valores y gradaciones de valores distintas y diferentes. Es en este punto en el que los derechos colectivos de pueblos indígenas serían derechos diferenciados no solo en función de grupo, sino también en función de la pertenencia a esa cosmovisión, a ese orden de valores distintos. El reconocimiento de derechos de pueblos indígenas viene acompañado con el reconocimiento de su cultura, creencias religiosas, espiritualidades, ritualidades, cosmovisiones. Es decir, toda la base de una concepción sobre lo bueno y lo malo; sobre su propia moral. Esta es también la base para la existencia de un pluralismo jurídico.
Los derechos colectivos habilitan la discusión sobre lo que algunos teóricos llaman restricciones internas y protecciones externas. El primero trata sobre la reivindicación de un grupo contra sus propios integrantes: lo que deben y lo que no deben hacer los miembros de un pueblo indígena. El segundo es la reivindicación del grupo contra la sociedad en la que está englobado: lo que debe y no debe hacer el Estado y la sociedad mayor respecto a los pueblos indígenas. Para algunos teóricos liberales, y en parte también para algunos comunitaristas, lo que ordena a ambas (tanto a las restricciones internas como a las protecciones externas) son los derechos humanos. ¿Pero puede haber concepciones distintas sobre el alcance de los derechos humanos? ¿Puede hablarse de un pluriverso de los derechos humanos? Esta la discusión de fondo.
